Возможные нежелательные реакции на фоне приема Ганатона могут затрагивать различные системы организма. Часто (1-10%) отмечаются боли в животе и диарея. Нечасто (0,1-1%) регистрируются повышенное слюноотделение, головокружение, головная боль, кожные высыпания, повышение активности аланинаминотрансферазы, снижение числа лейкоцитов. В пострегистрационном периоде (частота неизвестна) наблюдались лейкопения, тромбоцитопения, анафилактоидные реакции, повышение уровня пролактина, тремор, запор, тошнота, желтуха, гинекомастия, повышение активности аспартатаминотрансферазы, гамма-глютамилтранспептидазы, щелочной фосфатазы и уровня билирубина.