Подавляющее большинство нежелательных эффектов, возникающих на фоне приема Велафакса, имеют дозозависимую природу, причем при длительном лечении их выраженность и периодичность снижаются. С частотой «очень часто» (регистрируются более чем у каждого десятого) фигурируют бессонница, вертиго, цефалгия, седация, тошнота, ксеростомия, запор и гипергидроз. Категория «часто» включает понижение аппетита, спутанность сознания, деперсонализацию, аноргазмию, тремор, парестезии, расстройства зрения, ощущение сердцебиения, артериальную гипертензию, зевоту, диспептические явления, рвотные позывы, диарею, высыпания на коже, зуд, мышечный гипертонус, учащение мочеиспускания, задержку мочи, нарушения эрекции и семяизвержения, астенические проявления, колебания массы тела и повышение холестерина. В группе «нечасто» отмечались маниакальные состояния, галлюцинации, обморочные состояния, миоклонические подергивания, желудочно-кишечные кровотечения, дисфункция печени, очаговое выпадение волос, недержание мочи. Редкие реакции включают агранулоцитоз, апластическую анемию, эпилептические припадки, серотониновый синдром, воспаление печени, распад мышечной ткани. Внезапная отмена способна провоцировать синдром отмены с широким спектром симптомов.