Действие сульфацетамида на микроорганизмы (фармакодинамика) базируется на его способности конкурировать с парааминобензойной кислотой. Лекарство блокирует фермент дигидроптероатсинтетазу, вследствие чего нарушается выработка дигидрофолиевой кислоты, а затем и её активной формы - тетрагидрофолиевой кислоты, необходимой для синтеза пуриновых и пиримидиновых оснований. В итоге угнетаются процессы роста и размножения бактерий. Глазные капли эффективны против грамположительных и грамотрицательных кокковых форм, кишечной палочки, возбудителей дизентерии и холеры, а также против клостридий, сибиреязвенной палочки, коринебактерий, иерсиний, хламидий, актиномицетов и токсоплазм. При длительной терапии возможно формирование устойчивости патогенов к данному препарату.