Пантопразол побочные действия при соблюдении рекомендованных доз возникают редко. Наиболее частые — головная боль и диарея (около 1% пациентов). Со стороны крови и лимфатической системы: редко — агранулоцитоз; очень редко — тромбоцитопения, лейкопения, панцитопения. Со стороны нервной системы: нечасто — головная боль, головокружение; редко — нарушения вкуса. Со стороны органа зрения: редко — затуманивание зрения. Со стороны желудочно-кишечного тракта: часто — доброкачественные полипы фундальных желёз желудка; нечасто — диарея, тошнота, рвота, вздутие, метеоризм, запор, сухость во рту, дискомфорт и боли в животе. Со стороны почек и мочевыводящих путей: частота неизвестна — интерстициальный нефрит. Со стороны кожи и подкожных тканей: нечасто — экзантема, сыпь, зуд, дерматит; редко — крапивница, ангионевротический отёк; частота неизвестна — синдром Стивенса-Джонсона, многоформная эритема, токсический эпидермальный некролиз, фотосенсибилизация, подострая кожная красная волчанка. Со стороны скелетно-мышечной системы: нечасто — переломы запястья, бедра, позвоночника; редко — артралгия, миалгия. Со стороны обмена веществ: редко — гиперлипидемия, изменение массы тела; частота неизвестна — гипонатриемия, гипомагниемия. Со стороны иммунной системы: редко — гиперчувствительность, включая анафилактические реакции. Со стороны печени: нечасто — повышение активности трансаминаз, ГГТ; редко — повышение билирубина; частота неизвестна — гепатоцеллюлярные повреждения, желтуха, печёночно-клеточная недостаточность. Со стороны половых органов: редко — гинекомастия. Со стороны психики: нечасто — нарушения сна; редко — депрессия; очень редко — дезориентация; частота неизвестна — галлюцинации, спутанность сознания. Общие расстройства: нечасто — слабость, утомляемость, недомогание; редко — повышение температуры, периферические отёки.