Среди возможных побочных действий Метрогила чаще всего встречаются реакции со стороны кожи (сухость, зуд, покраснение, жжение), со стороны желудочно-кишечного тракта (тошнота, металлический привкус во рту, диарея), а также головная боль. При системном введении (раствор для инфузий) спектр нежелательных реакций шире и может включать изменения со стороны крови (лейкопения, тромбоцитопения), нервной системы (парестезии, головокружение, в редких случаях энцефалопатия), печени (повышение активности печёночных ферментов) и психики (бессонница, раздражительность). При использовании геля вагинального возможны также ощущение жжения у полового партнёра и развитие кандидоза после отмены препарата. Обо всех побочных действиях, не указанных в инструкции, следует сообщать лечащему врачу.