Флуконазол является умеренным ингибитором изоферментов CYP2C9 и CYP3A4, а также ингибитором CYP2C19, что определяет его способность повышать концентрации лекарственных средств, метаболизируемых этими путями. Противопоказан одновременный прием с цизапридом, терфенадином (при дозах флуконазола от 400 мг), астемизолом, пимозидом, хинидином и эритромицином из-за высокого риска сердечных аритмий. Требуется осторожность при комбинации с варфарином (контроль протромбинового времени), статинами (риск миопатии), блокаторами кальциевых каналов, сахароснижающими препаратами сульфонилмочевины, фенитоином, циклоспорином и такролимусом. Рифампицин ускоряет элиминацию флуконазола, что может потребовать увеличения его дозы.